Het huidige SV Bernardus is in 1947 opgericht onder de naam RKSV St. Bernardus. In de jaren twintig en dertig van de vorige eeuw was er echter ook al een voetbalclub in de Groenendijk met de naam VV St. Bernardus, oftewel kortweg VVB, dat uitkwam in de Diocesane Haarlemse Voetbal Bond (DHVB).

In de beginjaren (vanaf 1947) speelt het standaardteam in de LVB (Leidse Voetbal Bond) afwisselend in de 1e en 2e klasse. Er zijn ook juniorenteams, die in die tijd ‘aspiranten’ worden genoemd.

In 1950 wordt op het terrein in de Groenendijk (het land van Heemskerk) een heuse kleedruimte in gebruik genomen met uitgiftebuffet. Deze kleedruimte vervangt het voormalige ‘baarhuisje’ dat tot die tijd hiervoor heeft gefungeerd. In 1952 wordt het veld verbreed en geëgaliseerd. Voor de verbreding wordt grond aangekocht van ‘buurman’ Kaptein.

In 1962 heeft Bernardus 170 leden. Een reden om te gaan denken aan verruiming van de accommodatie. In 1965 wordt een tweede veld in gebruik genomen (ook buurverenigingen maken een aantal jaren gebruik van dit veld). In het seizoen 1965-1966 is het 1e elftal van Bernardus dichtbij promotie naar de KNVB. In beslissingswedstrijden met VTL en SJZ moet de kampioen van de 1e klasse LVB bepaald worden. VTL trekt aan het langste eind.

In 1969 komt de gemeente Hazerswoude met een plan om de verenigingen Bernardus en Hazerswoudse Boys op een sportcomplex in de Katjespolder te huisvesten. Bernardus is hier fel op tegen en wil het liefst naar de wijk Rhynenburg verhuizen. Via acties en protesten wordt een en ander aan de gemeente duidelijk gemaakt. Uiteindelijk ziet de gemeenteraad na stemming af van centralisatie en reserveert een bedrag voor de toekomst van Bernardus.

Bernardus groeit, temeer omdat ook de leeftijdsgrens voor de jeugd naar 8 jaar is teruggegaan, terwijl dit enkele jaren daarvoor nog 12 jaar was. Bernardus koopt vervolgens een ‘werkkeet’ en bouwt deze om tot kantine.

Eind 1970 verandert de naam RKSV St. Bernardus in SV Bernardus. Reden is onder meer dat er inmiddels steeds meer leden niet langer van ‘Katholieke huize’ zijn.

Voor 1972 wordt door de eigenaar van de gronden in de Groenendijk de huur aan Bernardus opgezegd. Bernardus speelt in het seizoen 1971-1972 met rouwbanden, omdat het er op lijkt dat de viering van het 25-jarig jubileum ook het einde van de vereniging zal worden. Na overleg huurt de gemeente Hazerswoude uiteindelijk de velden van boer Heemskerk toch nog voor een periode van 6 jaar en geeft het Bernardus toestemming voor de bouw van 4 kleedkamers met douches en een vergaderruimte (tevens massageruimte) verbonden aan de kantine. De ‘gele keet’ wordt afgebroken.

In 1974 wordt het 1e elftal kampioen van de KNVB afdeling Leiden, door in de laatste wedstrijd SVLV te verslaan, en speelt na een aantal voorronden om het Nederlands afdelingskampioenschap in Zeist. Hoewel ze in dit toernooi het beste van het spel hebben, eindigen ze slechts op de 3e plaats.

In 1977 neemt de gemeente het initiatief om Bernardus naar de wijk Rhynenburg te verhuizen en wordt de onteigening van de gronden voor het toekomstig complex ingezet. In augustus 1978 wordt Bernardus, en eigenlijk heel Hazerswoude, opgeschrikt door een dramatisch ongeluk waarbij 3 jonge mannen, selectiespelers, om het leven komen. Een gitzwarte bladzijde in de clubhistorie.

Een jaar later gaat de eerste paal voor de nieuwe kantine en kleedkamers de grond in en wordt na veel georganiseerde acties en veel zelfwerkzaamheid op 16 augustus 1980 de nieuwe accommodatie in gebruik genomen. Tevens heeft dan ook het damesvoetbal zijn intrede gedaan bij Bernardus. Hoewel er in hun eerste jaar nog geen deelname aan de competitie is, wordt er een jaar later wel, door een damesteam (vanaf 15 jaar) en een meisjesteam (van 12 t/m 15 jaar), afgetrapt.

De overgang naar het nieuwe complex betekent ook een uitbreiding van het bestuurlijk kader. Er ontstaan meerdere commissies die middels de commissievoorzitters weer worden vertegenwoordigd in het bestuur. Ook het vrijwilligerskorps is drastisch uitgebreid.

Bernardus groeit op de nieuwe locatie van 365 leden in 1980 naar 450 leden in 1981. De jeugd (vanaf 6 jaar) en de dames/meisjes zorgen mede voor deze stijging. In 1984 degradeert heren 1 uit de KNVB en komt weer in de afdeling terecht. In 1986 wordt veld 3 aangelegd.

Eind jaren tachtig lijkt het damesvoetbal te verdwijnen, vanwege een tekort aan leden, maar door een enthousiaste ledenwerving kan het damesvoetbal toch overleven. Dames 1 promoveert in 1994, na het behalen van de tweede plaats in de competitie, naar de derde klasse.

In 1997 wordt er een tribune gebouwd langs het hoofdveld. In dat jaar degradeert heren 1 eerst naar de 5e klasse KNVB (de afdelingen zijn dan vervallen), om vervolgens twee keer achtereen (via de nacompetitie) te promoveren en in 1999 voor het eerst in de historie in de 3e klasse KNVB uit te komen.

Het ledental van Bernardus is 564 in 2000, waarbij het opvallend is dat er steeds meer B-leden (incidenteel spelende en niet-spelende leden) staan genoteerd. Ook het aantal dames- en meisjesleden is groeiende, namelijk 100. Dit betekent dat de damesafdeling zich heeft ontwikkeld tot een stabiele factor.

Dames 1 laat opnieuw van zich horen door in 2001 kampioen te worden en te promoveren naar de tweede klasse. In 2002 vindt er een verbouwing plaats van het clubhuis. Er worden een nieuwe bestuurskamer en een tweetal kleedkamers aangebouwd. Ook worden de toiletruimten vergroot en vernieuwd. Datzelfde jaar degradeert heren 1 weer naar de 4e klasse KNVB.

Hoewel in de jaren negentig al incidenteel geprobeerd, gaat het ‘hummelvoetbal’ (spelertjes jonger dan 6 jaar) in 2004 echt van start. Korte tijd later start ook het 7 tegen 7-voetbal (senioren die onderling in ca. 7-tallen voetballen op een half speelveld).

In 2008 doet het G-voetbal zijn intrede. Junioren die door een lichamelijke en/of verstandelijke beperking belemmerd zijn in hun bewegingsmogelijkheden, vormen een team en voetballen tegen andere JG-teams.

Dames 1 levert in 2011 een prima prestatie door te promoveren naar de eerste klasse. In dat jaar krijgt Bernardus ook kunstgras en kunnen alle elftallen van Bernardus nog optimaler gebruik maken van de faciliteiten.

Het ledenaantal is in 2012 gestegen naar 625 en veel van hen, maar ook andere Bernardus-aanhangers, sparen voetbalplaatjes voor het verzamelalbum 2012-2013. Dames 1 reist inmiddels heel Nederland door, maar zakt na 2 jaar weer af. Door een tekort aan (senior) leden eindigt het G-voetbal in 2017 weer bij Bernardus.

Als er in 2017-2018 opnieuw voetbalplaatjes worden gespaard, zijn de vertrouwde junior- en pupillenteam-namen veranderd in JO- en MO-aanduidingen. Het seniorenvoetbal kort zowel bij de heren als de dames in, waardoor we enkele jaren over maar 1 dames senioren elftal beschikken. Inmiddels smeedt de KNVB plannen om in ‘west 2’ bij het zondagvoetbal de 3e en 4e klasse af te willen schaffen, waardoor het ‘regiovoetbal’ voor zondag verenigingen in gevaar komt.

In 2017 wordt Bernardus 1 met een relatief jong elftal kampioen in de 4e klasse en promoveert naar de 3e klasse zondag. Als ook door Bernardus in 2019 de overstap wordt gemaakt naar de zaterdag (4e klasse), staan in dit eerste seizoen o.a. wedstrijden tegen Koudekerk en Hazerswoudse Boys op het programma.

In dit eerste seizoen, alsook het seizoen erop, wordt de competitie niet beëindigd vanwege de corona-epidemie. In 2020 stapt ook het damesseniorenteam over naar de zaterdagcompetitie. Tijdens de corona-periode zakt het ledenaantal van 570 naar net onder de 500.

In het seizoen 2021-2022 wordt ‘buurman’ Koudekerk kampioen in de 4e klasse en daalt Bernardus af naar de 5e klasse zaterdag. Bij start van het seizoen 2023-2024 is het ledenaantal weer gegroeid naar ruim 600.